Identificació taxonòmica d'espècies vegetals basada en la tècnica del DNA barcoding: exemple d'aplicació als parcs i jardins de Santa Maria del Camí (Mallorca, Illes Balears)

Abstract

[cat] La tècnica del codi de barres d’ADN (DNA barcoding) es basa en la utilització de regions curtes i estandarditzades de gens per a la identificació taxonòmica d’espècies. Es tracta d’una metodologia fàcil d’implementar en el laboratori i que té l’avantatge que no es requereixen coneixements previs sobre els organismes que es desitgen identificar. El present treball de fi de grau consisteix en la identificació taxonòmica mitjançant aquesta tècnica de diferents espècies vegetals col·lectades a diferents indrets del poble de Santa Maria del Camí (Mallorca, Illes Balears). Es recolliren fulles de 28 plantes diferents a les quals els hi extraguérem l’ADN amb la intenció d’amplificar i seqüenciar dos marcadors comunament emprats a l’àmbit del DNA barcoding vegetal (psbA-trnH i rbcL). Les seqüències obtingudes es contrastaren amb les bases de dades públiques de seqüències d’ADN (algoritme BLAST) per tal d’identificar-les. A més, donat que no totes les espècies vegetals estan representades a les bases de dades d’ADN, per cadascuna de les seqüències obtingudes, es va construir un arbre filogenètic juntament amb les seqüències de les espècies més properes dipositades a les bases de dades amb la finalitat d’identificar la seva posició sistemàtica. Els resultats obtinguts van permetre la identificació de les plantes fins a nivell d’espècie (91,3% per psbA-trnH i 55% per rbcL), de gènere (100% per psbA-trnH i 95% per rbcL) i de família (100% per psbA-trnH i 100% per rbcL), el que posa de manifest l’eficàcia i la versatilitat d'aquesta tècnica d’identificació molecular.

[eng] The method of DNA barcoding is based on the use of short, standardized gene regions for the taxonomic identification of species. This methodology is easy to implement in the laboratory and has the advantage of not requiring prior knowledge of the organisms to identify. The purpose of present “treball de fi de grau” is to perform the taxonomic identification through DNA barcoding of different plant species collected in different parts of the town of Santa Maria del Camí (Mallorca, Balearic Islands). Twenty-eight different plants were collected and their respective DNAs were purified, amplified and sequenced for molecular markers commonly used in the field of plant DNA barcoding (psbA-trnH and rbcL). The resulting DNA sequences were compared against the public databases of DNA sequences (BLAST algorithm) in order to identify them. In addition, since not all plant species are represented in the DNA databases, a phylogenetic tree was constructed for each one of the generated sequences using a set of highly similar sequences from the databases in order to identify its systematic position. Our results allowed for the identification of plants at the species level (91.3% for trnH-psbA and rbcL to 55%), genus (100% for trnH-psbA and rbcL to 100%) and family (100% for trnH-psbA and rbcL 100%), which demonstrates the effectiveness and versatility of this technique of molecular identification.