Análisis molecular de la diversidad de Pseudomonas a lo largo del río Danubio

Abstract

[spa] Se realizó el análisis molecular de la diversidad de Pseudomonas a lo largo del rio Danubio, mediante la secuenciación del gen rpoD de 100 cepas seleccionadas entre 615 aislados identificados como Pseudomonas mediante el método de MALDI-TOF facilitados por el grupo de investigación de la universidad de Graz. Los aislados fueron identificados mediante comparación con la base de datos del NCBI y con la base de datos de secuencias de rpoD de la UIB. Se compararon las identificaciones obtenidas por ambos métodos (MALDI-TOF y rpoD) para determinar la posibilidad de que existan nuevos taxones entre las bacterias aisladas. Las 100 cepas de estudio fueron cultivadas en medio LB donde se comprobó que eran cultivos puros. Se realizó la extracción de DNA, la amplificación del gen rpoD, secuenciación y análisis de las secuencias. De las 100 cepas estudiadas, únicamente 2 no se pudieron amplificar con los cebadores selectivos de rpoD diseñados para Pseudomonas por lo que se secuenció el gen RNA ribosómico 16S. La cepa JDS02PS025 se identificó como un miembro del género Arthrobacter con una similitud de 94 % con Arthrobacter koreensis. La otra cepa, JDS03PS007, se identificó como Brevundimonas terrae con una similitud de 99,2 % respecto a la cepa tipo de esta especie. Se pudieron identificar 57 cepas a nivel de especie por presentar más del 95% de similitud en la secuencia del gen rpoD. Se distribuyeron en 19 especies diferentes, siendo las más abundantes P. moraviensis y P. soli (8 cepas cada una de ellas). Por abundancia, la siguiente especie detectada fue P. stutzeri, con 6 cepas pertenecientes a la genomovar 1 y otra adicional a la genomovar 3. Las 41 cepas de Pseudomonas restantes no pudieron asignarse a ninguna especie descrita por tener menos del 95% de similitud en la secuencia del gen rpoD por lo que fueron consideradas como representantes de 17 nuevos taxones, dentro de los aislados del río Danubio. Al observar los resultados y comparar ambos métodos MALDI-TOF y rpoD se puede determinar la existencia de una buena correspondencia entre los agrupamientos de los perfiles proteicos y los grupos o subgrupos filogenéticos establecidos previamente en el género. No obstante, la identificación a nivel de especie por MALDI-TOF no es suficiente, porque la base de datos no incluye muchas especies de origen ambiental. Además, algunas especies de un mismo grupo o subgrupo filogenético no se pueden discriminar por MALDI-TOF.