Asignación de genomas extraídos de metagenomas a genomovares de Pseudomonas stutzeri

Abstract

[spa] En la mayoría de ambientes, alrededor del 99% de los microorganismos no pueden ser cultivados mediante las técnicas comunes. La metagenómica consiste en la extracción de ADN de muestras ambientales y su posterior análisis para obtener información sobre el organismo del cual proceden, convirtiéndose esta técnica en una herramienta que posee un gran potencial para resolver cuestiones fundamentales de la ecología microbiana. En un estudio se reconstruyeron 7903 genomas a partir de 1500 metagenomas, 187 del total de genomas correspondían a la especie Pseudomonas stutzeri. En el presente trabajo se clasificaron in silico los 187 genomas extraídos de metagenomas mediante diferentes análisis. En los análisis 1 y 2 se hace uso de los genes rpoD y gyrB como marcadores filogenéticos para la discriminación de especies de Pseudomonas. Éstos proporcionan una resolución mayor que el ARNr 16S. Por tanto, los genes rpoD y gyrB fueron buscados en cada uno de los genomas y las secuencias nucleotídicas halladas fueron alineadas y comparadas con las secuencias nucleotídicas de los genes rpoD y gyrB presentes en las genomovares de referencia, ya sea con la secuencia parcial de los genes (Análisis 1) o, con la secuencia completa de los genes (Análisis 2). En cambio, en el análisis 3, se trató de comparar los 187 genomas con toda una serie de especies que se encuentran en una base de datos por ANIb. Todo esto con el objetivo de evaluar y comparar los tres tipos de análisis; comprobar si los genomas analizados se asignan a alguna de las genomovares de referencia o, de lo contrario se podía tratar de una posible nueva especie; y, además, comprobar si los resultados coinciden en los tres análisis realizados. Se obtuvo lo siguiente: de los 187 genomas, 174 fueron asignados a genomovares. 7 de éstos no pudieron ser asignados mediante los análisis 1 y 2 debido a que ninguno de los genes (rpoD y gyrB) fueron hallados en los genomas, pero sí mediante el análisis 3. Los 13 genomas restantes se correspondieron con posibles nuevas especies dentro del grupo de P. stutzeri, coincidiendo en considerarlas como tal en los 3 análisis realizados (2 de los 7 no asignados por los análisis 1 y 2 se encuentran entre éstos 13).