Identificación molecular de la dieta de la Tortuga mora (Testudo graeca) basada en el análisis de códigos de barras de secuencias de ADN

Abstract

[spa] La tortuga mora (Testudo graeca) es una de las ocho especies que integran el género Testudo. Esta especie se ve amenazada a largo plazo debido principalmente a la destrucción de sus hábitats, a la sobreexplotación y a la caza furtiva. Ante este escenario, resulta crucial disponer de conocimientos sobre su biología para diseñar estrategias eficaces de cara a su conservación. Sin embargo, aspectos tan básicos como su ecología trófica se desconocen en gran medida. Las mayores poblaciones de la especie se encuentran en el continente Africano, mientras que en nuestro archipiélago Balear únicamente está representada por pequeñas poblaciones en la isla de Mallorca. El presente Trabajo de Fin de Grado se centra en identificar las especies vegetales que conforman la dieta de T. graeca en Mallorca mediante la técnica de códigos de barras de ADN (DNA barcoding). Dicha técnica consiste en la identificación molecular de especies a partir de una región corta y estandarizada de sus genomas. En nuestro caso hemos extraído el ADN de muestras de excrementos pertenecientes a cinco ejemplares. Se han analizado tres marcadores cloroplásticos (psbA-trnH, trnL y rbcL) y los amplicones de las distintas especies vegetales presentes en los excrementos se han individualizado mediante técnicas de clonación. La identificación molecular se ha realizado mediante la comparación de las secuencias obtenidas con la información disponible en GenBank. Concretamente se construyeron árboles filogenéticos de las secuencias obtenidas juntamente con las secuencias más similares de la base de datos con el fin de identificar su posición sistemática. Los resultados obtenidos han permitido determinar todas las muestras al nivel taxonómico de familia, el 93% a nivel de tribu, y en el 66% de los casos la determinación de la planta ingerida fue incluso más precisa llegando al nivel de género. Concretamente hemos podido establecer la alimentación de T. graeca sobre los géneros Lotus (fam. Fabaceae), Sonchus (fam. Asteraceae) y Linum (fam Lineaceae).

[eng] The spur-thighed tortoise (Testudo graeca), is one of the eight species described in the genus Testudo. This species is threatened in the long term mainly due to habitat destruction, overexploitation and poaching. Under this scenario, knowing the details of its biology can be a key element in order to design effective conservation strategies. However, basic aspects such as its trophic ecology are largely unknown. The largest populations of the species are found in the African continent, while in our Balearic archipelago it is represented by small populations in Mallorca island. The present study focuses on identifying the plant species that make up the diet of T. graeca in Mallorca using the DNA barcoding approach. This technique consists in the molecular identification of species from a short and standardized region of their genomes. In our case, we purified the DNA from the faecal samples of five specimens in order to amplify three chloroplast markers (psbA-trnH, trnL and rbcL). The sequences of the different diet species present in the amplicons were individualized by cloning techniques. The molecular identification was made by comparing the obtained sequences with the information available in GenBank. Specifically, we constructed phylogenetic trees based on the diet sequences together with the most similar sequences retrieved from the database to identify their systematic position. Our results allowed the identification at the plant family level in all cases, while in 93% of the cases it was possible to reach the tribe level, and in 66% of the cases the identification was even more precise reaching the genus level. Specifically, we have been able to establish the feeding of T. graeca on the genera Lotus (fam. Fabaceae), Sonchus (fam. Asteraceae) and Linum (fam Lineaceae).