La pesta de 1820 en el llevant de Mallorca, la darrera de Europa

Abstract

[cat] Yersinia pestis ha estat un dels patògens que més ha afectat a la humanitat, provocant en el seu pas tres ben conegudes pandèmies al llarg d’euràsia. La darrera zona afectada per l’epidèmia de la Pesta Negra d’Europa fou el llevant de Mallorca durant el 1820. Coincidint amb el 200 aniversari durant el 2020 es va posar en marxa un projecte per obtenir mostres d’ADN provinents restes humanes dels afectats de l’epidèmia, però degut a la pandèmia causada pel SARS-CoV-2 no va ser possible continuar amb el projecte tal I com estava previst. En aquest treball es repassa I fa ús de les eines bioinformàtiques que es té previst emprar per quan es torni a reanudar el projecte, evaluar els principals problemes o limitacions d’aquestes i fer una simulació a petita escala del procés a realitzar. Mitjançant la pipeline de EAGER; i diversos programes com Snippy, Seaview, PhyML i IGV es realitzaran alineaments de lectures de seqüències d'ADN procedents de mostres de metagenomes humans, amb diferents orígens i èpoques, confirmats per la presència de Yersinia pestis. Posteriorment s'obtindrà informació relativa a la presència de polimorfismes de nucleòtid únic o puntuals, SNPs (de l'anglès, Single Nucleotide Polymorphisms) de cada seqüència generada i es faran servir per establir les relacions evolutives entre les diferents soques de Yersinia pestis al llarg de la història; i crear el context molecular adequat per abordar l'anàlisi de la soca causant de l'epidèmia al 1820 al llevant de Mallorca.

[eng] Through the use of the EAGER pipeline; and several bioinformatic programs like Snippy, Seaview, PhyML and IGV alignments of DNA sequence readings will be generated from human metagenome samples, with different origins and times, confirmed by the presence of Yersinia pestis. Subsequently, furhter information will be obtained regarding the presence of single or specific nucleotide polymorphisms, SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) of each sequence generated and afterwards they will be used to establish the evolutionary relationships between the different strains of Yersinia pestis throughout history; and create the appropriate molecular context to address the analysis of the strain that caused the epidemic in 1820 in the east of Mallorca.

[spa] Yersinia pestis ha sido uno de los patógenos que más ha afectado a la humanidad, provocado en su paso tres bien conocidas pandemia a lo largo de Eurasia. La última zona afectada por la epidemia de la Peste Negra de Europa fue el levante de Mallorca durante el 1820. Coincidiendo con el 200 aniversario, durante el 2020 se puso en marcha un proyecto para obtener muestras de ADN provenientes de restos humanos de afectados por la epidemia, pero debido a la pandemia causada por el SARS-CoV-2 no fue posible continuar con el proyecto tal y como estaba previsto. En este trabajo se repasan las herramientas bioinformáticas que se tiene previsto usar para cuando se vuelva a reanudar el proyecto, evaluar los principales problemas o limitaciones de estas y hacer una simulación a pequeña escala del proceso a realizar. Mediante la pipeline de EAGER; y varios programas como Snippy, Seaview, PhyML e IGV se realizarán alineamientos de lecturas de secuencias de ADN procedentes de muestras de metagenomas humanos, con diferentes orígenes y épocas, confirmados por la presencia de Yersinia pestis. Posteriormente se obtendrá información relativa a la presencia de polimorfismos de nucleótido único o puntuales, SNPs (del inglés, Single Nucleotide Polymorphisms) de cada secuencia generada y se usarán para establecer las relaciones evolutivas entre las diferentes cepas de Yersinia pestis a lo largo de la historia; y crear el contexto molecular adecuado para abordar el análisis de la cepa causante de la epidemia en 1820 en el levante de Mallorca.