Caracterización e identificación de bacterias endófitas mediante espectrometría de masas por MALDI-TOF

Abstract

[spa] Los microorganismos endófitos viven en el interior de los tejidos vegetales y pueden ser beneficiosos, neutros o patógenos. En general estos endófitos son esenciales para la realización de diferentes funciones de la planta. Ayudan a obtener nutrientes esenciales, proporcionan protección frente a estrés, o regulan la respuesta inmunitaria frente a patógenos o enfermedades. La identificación de estos microorganismos es esencial para el diagnóstico, la comprensión del funcionamiento de estos y para llevar a cabo posibles aplicaciones. Existen diferentes métodos de identificación bacteriana, actualmente un método muy utilizado en microbiología clínica es el MALDI-TOF MS. Este método permite una identificación fiable con una metodología fácil, rápida y de bajo coste. Consiste en el análisis de las proteínas presentes en la célula, las cuales generan un espectro de picos específico para cada especie. Este espectro es comparado con una base de datos que contiene los espectros proteicos de especies conocidas, a partir del cual se obtiene la identificación. En el presente trabajo se ha evaluado la capacidad de identificación de bacterias endófitas mediante MALDI-TOF MS, el cual ha resultado ser eficaz. Además, se ha evaluado el potencial de la base de datos Biotyper como herramienta para identificar endófitos, la cual ha resultado ser deficiente, ya que solo el 33,9 % del total de muestras analizadas se ha identificado correctamente a nivel de género o especie.

[eng] Endophytic microorganisms are organisms that live inside plant tissues and can be beneficial, neutral, or pathogenic. Endophytes are essential for the performance of different functions of the plant. They can help to obtain essential nutrients, protect against stress, or regulate the immune response against pathogens or diseases. The identification of these microorganisms is essential for diagnosis, to understand their operation and to be able to apply them in different areas. There are different methods of bacterial identification, nowadays in clinical microbiology a method more used is the MALDI-TOF MS. This method allows a reliable identification with an easy, fast and low-cost methodology. It consists of the analysis of the proteins present in the cell, which generate a spectrum of specific peak for each species. This spectrum is compared to a database containing spectra of known species. In the present work, the identification capacity of endophytic bacteria has been evaluated by MALDI-TOF MS, which has proven to be effective. In addition, the potential of the Biotyper database as a tool to identify endophytes has been evaluated, which has not turned out to be very efficient, since only 33,9 % of the total samples analyzed have been correctly identified at the genus or species level.