Desarrollo de la aplicación GeneTranslateR mediante el paquete Shiny de R Studio

Abstract

[spa] Actualmente, los avances tecnológicos y metodológicos han hecho que los estudios genómicos sean capaces de producir una gran cantidad de datos que deben ser analizados. Aunque existen múltiples herramientas y bases de datos online para el análisis funcional de genes, hacerlo suele ser un trabajo tedioso ya que no todas reconocer los mismos identificadores de genes, cosa que ocurre frecuentemente con los datos de arrays de Affymetrix. A esto, se añade la problemática que supone relacionar genes con miRNAs asociados. Para facilitar el análisis funcional de genes se desarrolla GeneTranslateR mediante la herramienta Shiny de R Studio. Principalmente se utilizan los paquetes Bioconductor y multiMir. Bioconductor es un paquete de R que contiene herramientas útiles para el análisis de datos genómicos, mientras que multiMiR contiene funciones necesarias para relacionar miRNAs con genes diana, enfermedades y fármacos. Como resultado se obtiene una aplicación online simple e interactiva que permite al usuario subir genes o miRNAs de interés y seleccionar una serie de opciones para obtener las conversiones de los identificadores de genes de las principales bases de datos genómicos y la relación entre miRNAs y genes. Debido al gran tamaño de las bases de datos utilizadas, se proporciona el código de GeneTranslateR mediante un enlace en la plataforma GitHub, permitiendo que cada usuario pueda añadir o eliminar bases de datos que sean de su interés y también se ofrece mediante un enlace directo a la aplicación, pero con una reducción en el tamaño de estas bases de datos. Por tanto, GeneTranslateR es una aplicación interactiva y fácil de utilizar que constituye una herramienta útil para el análisis funcional de genes.