Anàlisi comparatiu de gens de virulència de soques del gènere Pseudomonas

Abstract

[cat] El gènere Pseudomonas està compost per un conjunt d’espècies adaptades a viure en ambients molt diversos. Aquest fet, juntament amb la baixa especificitat dels seus requeriments nutricionals, fa que sigui un gènere molt ubic. Un dels nínxols que inclou el gènere Pseudomonas és el d’ambients clínics, on l’espècie que rep més atenció és Pseudomonas aeruginosa. És un patogen oportunista causant de malalties com la fibrosi quística. En aquest treball es pretén realitzar un anàlisi comparatiu dels factors de virulència de Pseudomonas aeruginosa PAO1 i els factors de virulència de dues soques de Pseudomonas stutzeri: Pseudomonas stutzeri A1501 (aïllada d’un camp d’arròs) i Pseudomonas stutzeri ATCC17588 (d’origen clínic i soca tipus de l’espècie) per tal d’establir una relació entre les tres soques i, posteriorment, amb altres espècies de Pseudomonas els factors de virulència de les quals són coneguts. Per realitzar l’anàlisi es parteix d’una base de dades de 333 factors de virulència de Pseudomonas aeruginosa. Per identificar aquests factors de virulència dins el genoma de les dues soques de Pseudomonas stutzeri s’envien a comparar (Local Blast) amb una base de dades nucleotídica que correspon amb els genomes complets de les dues soques de Pseudomonas stutzeri. Els resultats mostren una gran diferència entre els factors de virulència de les soques de Pseudomonas stutzeri i els factors de virulència de Pseudomonas aeruginosa i que els factors de virulència més conservats són els més essencials, com els relacionats amb la motilitat i la regulació de l’expressió gènica.

[eng] The Pseudomonas genera is composed by a range of species adapted to a wide variety of environments. This, together with a low specificity in nutritional requirements, makes this genera very ubiquitous. One of the niches related to this genera is the clinical environment in which the most known specie is Pseudomonas aeruginosa. This specie is an opportunistic pathogen related to diseases like Cystic Fibrosis. The aim of this project is to carry out a comparative analysis of the virulence factors of Pseudomonas aeruginosa and the virulence factors of two Pseudomonas stutzeri strains: Pseudomonas stutzeri A1501 (isolated from a rice field) and Pseudomonas stutzeri ATCC17588 (isolated from clinical environments and type strain of the specie) in order to establish a relationship between the three strains and, later, with other Pseudomonas strains which virulence factors are known. To carry out this analysis, we begin with a database with 333 virulence factors of Pseudomonas aeruginosa. To identify these virulence factors in the genome of the strains of Pseudomonas stutzeri they are sent to compare (Local Blast) with a nucleotidic database which corresponds with the two whole genomes of the strains of Pseudomonas stutzeri. The results show a great difference between the virulence factors of the Pseudomonas stutzeri strains and the virulence factors of Pseudomonas aeruginosa. They also show that the most conserved virulence factors are those related to basic activities like motility and gene expression regulation.