Caracterización taxonómica de nuevas cepas bacterianas del grupo de Pseudomonas fluorescens

Abstract

[spa] Pseudomonas es un género conocido por su amplia diversidad fenotípica, por este motivo, para su identificación hay que recurrir a técnicas de secuenciación de genes que diferencien especies dentro del género. La combinación de estas técnicas con métodos de análisis quimiotaxonómicos permite obtener una identificación significativamente fiable. En este estudio se realiza la caracterización bacteriana mediante MALDI-TOF (Matrix assisted laser desorption-ionization (MALDI) time-of-fligh (TOF)), así como un análisis multigénico (MLSA) de las secuencias parciales de 4 genes (16RNAr, rpoD, gyrB y rpoD). Al concluir el estudio se realiza un dendrograma por UPGMA creado a partir de la matriz de semejanza del programa Biotyper con los agrupamientos proteicos de las cepas analizadas. El objetivo del trabajo es caracterizar los perfiles proteicos de células enteras de una serie de cepas del género Pseudomonas que no han podido ser adscritas a ninguna especie conocida del género, determinar su posición filogenética y clasificarlas taxonómicamente.

[eng] Pseudomonas is a well known bacterial genus for its wide phenotypic diversity. Consequently, for the identification of species in the genus the use of gene sequencing techniques is necessary. The combination of these techniques with chemotaxonomic methods provides a reliable identification. In this study, bacterial strain are characterized is by MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption ionization (MALDI) time-of-flight is performed (TOF)) and by a multigenic analysis (MLSA) of partial sequences of four genes (16RNAr, rpoD, gyrB and rpoD). Protein profiles obtained with the Biotyper program were analyzed and results were represented in a dendrogram by UPGMA that represents phenotypic similarities between the strains. The purpose of the study is the characterization of the whole cell protein profiles of strains of the genus Pseudomonas that could not be assigned to any known species of the genus, to determine their phylogenetic position and to classify them taxonomically.