Análisis multilocus de especies del género Pseudomonas de origen clínico

Abstract

[esp] Veintiséis cepas del género Pseudomonas fueron aisladas de muestras hospitalarias obtenidas del Hospital Son Espases en Palma de Mallorca y del Departamento de Microbiología de la Universidad de Gotemburgo (Suecia). Los microorganismos que no habían podido ser clasificados a nivel de especie por la metodología de rutina clínica, se propusieron como objeto de estudio. La finalidad de este trabajo es llegar a asignar estas cepas a una especie conocida o identificar posibles especies nuevas. Todas las cepas eran bacterias del género Pseudomonas: morfología de bacilo, Gram negativas, con un flagelo de inserción polar, oxidativas estrictas y capaces de crecer a 18-37Cº, pH 6- 10 y 2-10% de NaCl. Para poder identificar las diferentes cepas, se secuenció el gen rpoD y si éste no era suficiente para asignar la cepa a una especie conocida, se secuenciaron dos genes adicionales de cada una de ellas: DNA ribosómico 16S y el gen gyrB. Mediante las secuencias de estos tres genes de cada una de las cepas a estudiar y de las secuencias de los genes de 158 cepas tipo conocidas (base de datos de especies conocidas del Laboratorio de Microbiología de la UIB), se realizó un análisis multilocus de las secuencias (MLSA). De este modo se pudo comparar y hallar la similitud entre las cepas a identificar y las 158 cepas tipo conocidas. Si el valor de similitud de las cepas a identificar con respecto a las cepas conocidas es mayor al umbral del 97%, establecido para discriminar especies del género Pseudomonas, se puede establecer que dicha cepa que presenta un valor mayor del 97% con una determinada cepa tipo, es de esa misma especie. De las veintiséis cepas a estudiar, ocho se han podido asignar a cepas tipo conocidas y el resto, dieciocho, se han establecido en diferentes grupos y se ha considerado que pueden pertenecer a ocho hipotéticas nuevas especies.

[eng] Twenty-six strains of the genus Pseudomonas were isolated from samples obtained from Son Espases Hospital in Palma de Mallorca and of the Clinical Microbiology Department of the Gothenburg University (Sweden). The microorganisms that have not been classified to a known species by routine clinical methodologies were the subject of this work. The purpose was to assign these strains to a known type species or to characterize them phylogenetically as possible new species. All the strains were Pseudomonas bacteria: morphologically Gram-negative bacilli with a polarly inserted flagellum, with strictly oxidative metabolism and they were able to grow at 18-37Cº, pH 6-10 and 2-10% NaCl. In order to identify the different strains, the rpoD gene was sequenced and when this sequence was not sufficient to assign the strain to a known species type strain, two additional genes of each strain were sequenced: 16S ribosomal DNA and gyrB genes. Using the nucleotide sequences of these three genes from each of the strains studied and the gene sequences of 158 known type strains (Pseudomonas type strains database of the UIB Microbiology Laboratory) a multilocus analysis of the sequences was performed (MLSA). The similarities between the strains to be identified and the 158 known type strains were determined. When the value of similarity of the strains to be identified with a known species type strain was higher than the threshold of 97%, which discriminates the Pseudomonas species, the strain was assigned to the corresponding species. Of the twenty-six strains studied, eight strains, have been assigned to a known species and the remaining eighteen strains have been assigned to a different groups. There are considered hypothetical eight new species.