Identificación molecular de la dieta de la Tortuga mediterránea (Testudo hermanni) basada en el análisis de códigos de barras de secuencias de ADN

Abstract

[spa] La tortuga mediterránea (Testudo hermanni), es una de las ocho especies del género Testudo. La destrucción de sus hábitats y su recolección como animales de compañía han provocado una disminución importante de sus poblaciones salvajes, por lo que se ha hecho indispensable aumentar los conocimientos acerca de su biología para garantizar su conservación. A pesar de ello, los hábitos tróficos de esta especie en su medio natural se desconocen en gran medida. A diferencia del resto de áreas de distribución, Mallorca cuenta aún con unas importantes densidades poblacionales de T. hermanni. El presente trabajo de fin de grado consiste en la identificación de especies vegetales que forman parte de la dieta de T. hermanni mediante la técnica de código de barras de ADN (DNA barcoding), con el fin de aportar nueva información sobre su ecología trófica. Dicha técnica consiste en la identificación molecular de especies a partir de una región corta y estandarizada de sus genomas. En el presente estudio se ha extraído el ADN de diez muestras de excrementos de diferentes ejemplares de esta especie, con la intención de amplificar el marcador cloroplástico psba-trnH comúnmente utilizado en el ámbito del ADN barcoding de plantas. Para poder secuenciar por separado cada uno de los amplicones pertenecientes a las distintas especies vegetales presentes en la mezcla de excrementos, se recurrió a la técnica de clonación de productos de PCR. Se construyeron árboles filogenéticos de las secuencias obtenidas juntamente con las secuencias más similares encontradas en la base de datos pública de secuencias de ADN (algoritmo BLAST), con el fin de identificar su posición sistemática. De los resultados obtenidos, en un 80% de muestras se llega a la determinación de familia, y en el 20% restante la determinación es aún más precisa llegándose a identificar la planta ingerida a nivel de género. Los resultados revelaron la predominancia de especies provenientes de la familia de musgos Pottiaceae, frente al resto de familias y subfamilias obtenidas (Plantaginaceae, Papilionoideae, Gnaphalieae, Anacardiaceae, Bryaceae) presentes en proporciones mucho menores.

[eng] The Mediterranean tortoise (Testudo hermanni) is one of the eight species described in the genus. The degradation of their habitats and their collection as pets have led to a significant population decline, making it necessary to increase our knowledge about their biology to ensure their conservation. However, the trophic habits of this species in its natural environment are largely unknown. Unlike the rest of its distribution areas, Mallorca still has significant population densities of T. hermanni. The aim of this study is to identify the plant species that conform the diet of T. hermanni through the implementation of the DNA barcoding technique, in order to improve our knowledge on its trophic ecology. Such technique consists in the molecular identification of species using a short and standardized region of their genomes. DNA was purified from ten faecal samples from different specimens of this species, with the intention of amplifying the chloroplast marker psba-trnH commonly used in plant DNA barcoding. Diet DNA sequences from different plant species in the amplicon were individualized and sequenced through cloning techniques. Phylogenetic trees were constructed from the generated diet sequences together with a subset of the most similar sequences found in public DNA databases (BLAST algorithm) to identify their systematic position. The resulting identifications reached the taxonomic rank of plant genus in 20% of the cases, while the remainder of the sequences could be identified up to the family level. Our results revealed the predominance of species from the moss family Pottiaceae compared to the remainder of the identified diet taxa (Plantaginaceae, Papilionoideae, Gnaphalieae, Anacardiaceae, Bryaceae).