Análisi filogenómico de la especie P. stutzeri

Abstract

[spa] Dentro del género Pseudomonas, la especie P. stutzeri está ampliamente distribuida, destacando por su alta diversidad génica y metabólica. En este trabajo se realizará un estudio filogenómico combinando el análisis multigénico (MLSA) basado en el análisis de los genes 16S rRNA, gyrB, rpoD y los 40 genes ortólogos en copia única definidos en la plataforma online SpecI, con el análisis genómico basado en los índices de comparación genómica in silico (ANIb, ANIm, TETRA) de una colección de 77 genomas afiliados a las distintas genomovares de la especie P. stutzeri o a las distintas especies que conforman el grupo de P. stutzeri. Los objetivos del presente trabajo son: (1) Deducir las afiliaciones filogenéticas y taxonómicas de todos los genomas del grupo P. stutzeri disponibles hasta Febrero del 2016, (2) Realizar una comparación entre el análisis multigénico y los métodos basados en el análisis de genomas para esclarecer la afiliación filogenética de especies y/o genomovares del grupo; y (3) Comparar los métodos genómicos entre ellos para su uso en la delineación de especies y/o genomovares. Se observó que los valores de ANIb y ANIm del 95 % y de MLSA del 97 % actuaban como puntos de corte permitiendo discernir las diferentes genomovares, mientras que valores superiores agrupaban los miembros de una misma genomovar. Los resultados obtenidos permitieron confirmar las afiliaciones anteriormente obtenidas, asignar cepas a nuevas genomovares y otras a genomovares previamente descritas y por último, detectar asignaciones taxonómicas erróneas, como por ejemplo, la errónea asignación del genoma P. stutzeri YC-YH1 a la especie P. stutzeri en lugar de a P. balearica. La clasificación en 22 genomovares actual de la especie P. stutzeri, podría llevar en un futuro, a la asignación de éstas en diferentes especies con estatus taxonómico propio, pendientes de análisis quimiotaxonómicos y fenotípicos más detallados.

[eng] Inside of Pseudomonas genus, the specie Pseudomonas stutzeri is widely distributed, sticking out by its highly genetic and metabolic diversity. In this current work will be developed a phylogenomic study combining a multigenic analysis (MLSA) based on analysis of the genes 16S rRNA, gyrB, rpoD and the 40 universal, single-copy phylogenetic marker genes described in the online platform SpecI, with the in silico genomic analysis focused on the genomic comparative ratings (ANIb, ANIm, TETRA) from the collection of 77 genomes affiliated to different genomovars of P. stutzeri species or to a distinct species belonging to the P. stutzeri group. The main goals of this present study are: (1) to deduct the phylogenetic and taxonomic affiliations of all the genomes of the group available before February, 2016, (2) to perform a comparative between the multigenic analysis and the methods based on the genome analysis to clarify the phylogenetic affiliation of species and/or genomovars group; and (3) to compare the genomic methods among them for be used in the delineation of the species and/or genomovars. It is noticed that values of 95 % of ANIb and ANIm, and 97 % of MLSA works as a cut-off allowing us to discern the different genomovars, meanwhile at higher values the members of the same genomovar were grouped. The results confirm the previously obtained affiliation, to assign strains to news genomovars and to the current described genomovars, and lastly, to detect wrong affiliations, such us, the misallocation of P. stutzeri YC-YH1 genome, assigned to P. stutzeri instead of P. balearica species. The current classification in 22 genomovars of P. stutzeri, could lead in the future allocation of these at distinct species with their own taxonomic status, waiting for thorough chemotaxonomic and phenotypic analysis in the near future.