Evaluación de la identificación bacteriana y estudio de sensibilidad antibiótica en muestras de orina directa mediante MALDI-TOF MS y citometría de flujo

Abstract

[spa] El diagnóstico microbiológico de las infecciones del tracto urinario (ITU) es uno de los estudios que se realizan con más frecuencia en los laboratorios de microbiología, tanto los que atienden al ámbito hospitalario como al ámbito comunitario. La identificación y la determinación de la sensibilidad antibiótica de las bacterias presentes en este tipo de infecciones son los principales puntos de acción para dar un tratamiento al paciente, siendo de gran importancia en aquellos en estado grave y avanzado. La metodología actual empleada en los laboratorios de microbiología clínica implica el cultivo de las muestras de orina entre 18-24 horas y su posterior interpretación, por lo que surge la necesidad de acortar estos tiempos para los casos de urgencia. Ante este problema, nuevas tecnologías como la citometría de flujo o la espectrometría de masas MALDI-TOF se plantean como alternativas al protocolo empleado actualmente. En este estudio se evalúa la utilidad del citómetro de flujo UF-500i (Sysmex) como método de screening para la selección de aquellas muestras de orina con posible presencia de microorganismos infecciosos y a su vez, como método de análisis de antibiogramas empleando directamente la orina. Por otra parte, también se valora la aplicación del espectrómetro de masas MALDI-TOF (Bruker) a partir de extractos proteicos obtenidos directamente de las orinas como método de identificación bacteriana sin necesidad del cultivo de la muestra. Esta nueva metodología se evalúa en comparación con los protocolos actualmente empleados en microbiología clínica, los cuales implican el cultivo de la muestra en medios específicos (CPS®, Agar Sangre y/o Agar Chocolate) y el estudio de la sensibilidad antibiótica mediante la tecnología MicroScan®. De esta forma, el objetivo principal de este estudio es la evaluación y optimización del diagnóstico microbiológico de las ITUs.

[eng] Microbiological diagnosis of urinary tract infections (ITUs) is one of the most frequently performed studies in microbiology laboratories, both in the hospital setting and at the community level. Identification and determination of antibiotic susceptibility of the bacteria present in this type of infections are the main points of action to give a treatment to the patient, being of great importance in those in serious and advanced state. The current methodology used in clinical microbiology laboratories involves the culture of urine samples between 18-24 hours and its subsequent interpretation, so because of this is why the need to shorten these times for urgent cases. Faced with this problem, new technologies such as flow cytometry or MALDI-TOF mass spectrometry are proposed as alternatives to the current protocol. This study evaluates the utility of the UF-500i flow cytometer (Sysmex) as a screening method for the selection of urine samples with the possible presence of infectious microorganisms and, at the same time as a method of analyzing antibiograms directly using urine. On the other hand, the application of the MALDI-TOF mass spectrometer (Bruker) from protein extracts obtained directly from the urine as a method of bacterial identification without the necessity of the culture of the sample is also evaluated. This new methodology is evaluated in comparison with the protocols currently used in clinical microbiology, which involve the culture of the sample in specific media (CPS®, Blood Agar and / or Chocolate Agar) and the study of antibiotic sensitivity using MicroScan technology ®. In this way, the main objective of this study is the evaluation and optimization of the microbiological diagnosis of UTIs.