Asignación de genomas extraídos de metagenomas a genomovares de Pseudomonas stutzeri

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dc.contributor García-Valdés Pukkits, Elena Isabel
dc.contributor.author Brandariz, Julián
dc.date 2018
dc.date.accessioned 2018-07-10T07:52:46Z
dc.date.available 2018-07-10T07:52:46Z
dc.date.issued 2018-07-10
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11201/147255
dc.description.abstract [spa] En la mayoría de ambientes, alrededor del 99% de los microorganismos no pueden ser cultivados mediante las técnicas comunes. La metagenómica consiste en la extracción de ADN de muestras ambientales y su posterior análisis para obtener información sobre el organismo del cual proceden, convirtiéndose esta técnica en una herramienta que posee un gran potencial para resolver cuestiones fundamentales de la ecología microbiana. En un estudio se reconstruyeron 7903 genomas a partir de 1500 metagenomas, 187 del total de genomas correspondían a la especie Pseudomonas stutzeri. En el presente trabajo se clasificaron in silico los 187 genomas extraídos de metagenomas mediante diferentes análisis. En los análisis 1 y 2 se hace uso de los genes rpoD y gyrB como marcadores filogenéticos para la discriminación de especies de Pseudomonas. Éstos proporcionan una resolución mayor que el ARNr 16S. Por tanto, los genes rpoD y gyrB fueron buscados en cada uno de los genomas y las secuencias nucleotídicas halladas fueron alineadas y comparadas con las secuencias nucleotídicas de los genes rpoD y gyrB presentes en las genomovares de referencia, ya sea con la secuencia parcial de los genes (Análisis 1) o, con la secuencia completa de los genes (Análisis 2). En cambio, en el análisis 3, se trató de comparar los 187 genomas con toda una serie de especies que se encuentran en una base de datos por ANIb. Todo esto con el objetivo de evaluar y comparar los tres tipos de análisis; comprobar si los genomas analizados se asignan a alguna de las genomovares de referencia o, de lo contrario se podía tratar de una posible nueva especie; y, además, comprobar si los resultados coinciden en los tres análisis realizados. Se obtuvo lo siguiente: de los 187 genomas, 174 fueron asignados a genomovares. 7 de éstos no pudieron ser asignados mediante los análisis 1 y 2 debido a que ninguno de los genes (rpoD y gyrB) fueron hallados en los genomas, pero sí mediante el análisis 3. Los 13 genomas restantes se correspondieron con posibles nuevas especies dentro del grupo de P. stutzeri, coincidiendo en considerarlas como tal en los 3 análisis realizados (2 de los 7 no asignados por los análisis 1 y 2 se encuentran entre éstos 13). ca
dc.format application/pdf
dc.language.iso spa ca
dc.publisher Universitat de les Illes Balears
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights all rights reserved
dc.subject 5 - Ciències pures i naturals ca
dc.subject 57 - Biologia ca
dc.subject 575 - Genètica general. Citogenètica general. Immunogenètica. Evolució. Filogènia ca
dc.subject.other P. stutzeri ca
dc.subject.other Genomovar ca
dc.subject.other Metagenómica ca
dc.subject.other rpoD ca
dc.subject.other gyrB ca
dc.subject.other ANIb ca
dc.title Asignación de genomas extraídos de metagenomas a genomovares de Pseudomonas stutzeri ca
dc.type info:eu-repo/semantics/bachelorThesis ca
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion


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