Análisis comparativo de genes de cepas de Pseudomonas

Abstract

[spa] El género Pseudomonas es uno de los más extensos y complejos dentro de las bacterias Gram-negativas, por lo que su filogenia siempre ha estado en discusión. Esto es debido a que el análisis del gen 16s rRNA, el gen de referencia usado en taxonomía procariota para identificar especies, no ofrece siempre suficiente precisión entre especies muy cercanas en el género Pseudomonas. Así pues, en este trabajo se analizó la filogenia a partir del gen rpoD que presenta una mayor precisión. Para ello se analizó la filogenia de 113 cepas de Pseudomonas, repartidas en 6 grupos que son P. anguilispetica, P. straminea, P. luteola, P. oleovorans, P. oryzihabitans y P. pertucinogena. Mediante el análisis filogenético del gen rpoD y también a partir de una secuencia parcial de dicho gen, se comparó contra el análisis del genoma mediante el cálculo del ANIb. Los grupos que presentan una misma filogenia usando el genoma entero o el gen rpoD parcial y entero son P.anguilispetica, P. straminea, P. luteola y P. pertucinogena. El grupo P. oryzihabitans presenta unos valores discriminatorios muy cercanos al valor de corte y del grupo P. oleovorans solamente se distinguen las especies mediante el análisis del genoma entero. Además, se proponen nuevas asignaciones y reclasificaciones de diferentes cepas. En conclusión, el análisis del gen rpoD permite identificar cepas del ambiente en aquellos grupos o subgrupos claramente definidos.