Estudio de la diversidad de Pseudomonas

Abstract

[spa] En este trabajo se presenta un estudio comparativo in silico de la asignación de especies de 90 genomas del grupo Pseudomonas aeruginosa extraídos de la base de datos pública “National Center for Biotechnology Information” (NCBI), a partir de las referencias de genomas facilitadas en la base de datos “Genome Taxonomy Database” (GTDB). Fueron comparadas las asignaciones de especies acorde con la filogenia basada en el gen rpoD (secuencias completas y secuencias parciales), la taxonomía propuesta en GTDB y las comparaciones genómicas basadas en el índice “Average nucleotide identity based on BLAST” (ANIb). En el estudio se realizan 3 análisis genéticos. Los dos primeros análisis (1 y 2) hacen uso del gen rpoD para la discriminación de especies del género Pseudomonas debido a su elevado poder resolutivo. Las secuencias del gen rpoD fueron extraídas de cada uno de los genomas y posteriormente alineadas resultando en 2 alineamientos: uno con la secuencia completa del gen (Análisis 1) y otro con la secuencia parcial del gen (Análisis 2). Por otro lado, el análisis 3 se basó en cálculos de valores ANIb de los mismos genomas. Las topologías obtenidas de los tres análisis fueron muy similares, presentando agrupaciones y ramificaciones que se mantenían. Los resultados obtenidos fueron 35 genomas con correcta asignación de especies, 12 genomas asignados a especies, 8 genomas reclasificados y 23 genomas en posible proceso de especiación