Avaluació del gen COI (Barcoding) per a la delimitació d’algunes espècies en el gènere Podarcis

Abstract

[cat] Dins la classe Reptilia, trobem la família Lacertidae composta per més de 280 espècies dins la qual s’hi troba el gènere Podarcis, un grup monofilètic amb un origen aproximat 18 -20 Ma que consta de 24 - 30 espècies distribuïdes per Euràsia i Àfrica. Es tracta d’espècies molt variables fenotípicament amb una gran variabilitat intraespecífica i una baixa variabilitat interespecífica que fa que les relacions no estiguin establertes definitivament i que es requereixin les anàlisis de DNA per establir unes relacions filogenètiques més sòlides. A aquest treball s’estudià la utilitat del Codi de Barres de 10 d’aquestes espècies amb el Citocrom Oxidasa I (COI), gen que es troba al mtDNA, per a estudiar la variabilitat genètica i la filogènia. Per fer-ho, s’ha realitzat l’extracció del DNA de la coa de l’exemplar, han estat necessaris dos jocs de primers per a realitzar l’amplificació, ja que aquest grup presenta una alta variabilitat a la regió d’unió dels encebadors i finalment s’han purificat i seqüenciat les mostres per a poder realitzar l’anàlisi de variabilitat genètica i l’estudi de filogènia, temps de divergència i la delimitació de les espècies. S’ha observat que hi ha una major diversitat dins P. tiliguerta, però les seqüències obtingudes amb els dos jocs de primers eren de baixa qualitat el que podria ser provocat per còpies nuclears dels gens i per evitar errors aquesta espècie és eliminada de les anàlisis filogenètics, per altra banda P. hispanica també té una elevada diversitat, que no és d’estranyar tenint en compte que abraça 3 espècies i que dues d’aquestes “P.h. galera i P. h. virescens” destaquen a l’estudi de la distància per tenir els valors més elevats. Finalment, s’estudiaren dos models filogenètics; el model de màxima probabilitat i el model de coalescència bayesiana. Ambdós amb resultats similars encara que lleugerament més sòlids al model bayesià, on es poden veure correctament les diferents espècies separades i també consta d’una relació clara entre els moments d’especiació i els grans moviments tectònics que hi ha hagut al Mediterrani.

[eng] In the family Lacertidae (Reptilia) composed by more of 280 species is found the genus Podarcis, with 24 - 30 species distributed along Eurasia and Africa. It is a monophyletic group with an origin does roughly 18 -20 Ma, composed of species with very variable phenotype, big intraspecific variability and low interspecific variability. These traits cause that the relations are not established definitively and that require the analyses of DNA to establish more solid phylogenetic relationships. At this work studied the usefulness of DNA barcoding of 10 of these species with Citocrom Oxidase I (COI), a gene found in mtDNA, to study genetic variability and phylogeny. To this end, DNA extraction of tail of the specimens was carried out, two sets of primers were necessary to perform the amplification as this group exhibited a high variability in the binding region of primers. Finally, the samples were purified and sequenced to be able to perform genetic variability and phylogenetic analysis, time of divergence and delimitation of the species. It has been observed that there is a greater diversity in P. tiliguerta, but the sequences obtained with the two games of primers were of low quality what could be caused by nuclear copies of the genes and to avoid errors this species were eliminated from the phylogenetic analysis. On the other hand, P. hispanica also has a high diversity, which is not surprising given that it covers 3 different species and that two of these "P. h. “Galera” and P. h. virescens stand out because present the highest distance value. Finally, two phylogenetic models were studied: the model of maximum likelihood and the Bayesian coalescence model. Both with similar results, although slightly more solid in the Bayesian model, where the different species separate correctly. Also found a clear relationship between the moments of speciation and the great tectonic movements that have occurred in the Mediterranean.