Caracterización de una nueva especie de Pseudomonas aislada del río Danubio: propuesta de Pseudomonas danubii sp. nov.

Abstract

[spa] En la expedición Joint Danube Survey 3 (JDS3) en 2013, se aisló una colección de cepas de Pseudomonas en diferentes zonas a lo largo del río Danubio. Mediante un análisis combinado de los perfiles proteicos obtenidos por MALDI-TOF MS y de estudios filogenéticos del gen rpoD, se identificó a nivel de filoespecie (PS) un total de 611 cepas. Se tomó como límite de especie una identidad del 95% en la secuencia parcial del gen rpoD. De las 66 filoespecies definidas, 34 corresponden a especies ya conocidas y 32 son hipotéticas nuevas especies. Una de estas posibles nuevas filoespecies se denominó PSNew 6. El estudio genotípico mediante análisis multigénico de las secuencias parciales de los genes 16S rRNA, gyrB, rpoB y rpoD, confirmó que el conjunto de cepas de esta PS no podía afiliarse a ninguna especie conocida y que estaba estrechamente relacionado con Pseudomonas protegens. La determinación de las características fenotípicas de estas cepas se realizó mediante los sistemas API 20NE, Biolog GEN III y Vitek 2 Compact. Se secuenció el genoma de la cepa JDS02PS016T como representante del grupo. Se determinó la identidad nucleotídica promedio (Average Nucleotide Identity, ANI) así como la distancia genómica (Genome to Genome Distance Calculation, GGDC) entre la cepa JDS06PS016T y las cepas tipo filogenéticamente más cercanas. Ambos valores resultaron ser inferiores al punto de corte de especie aceptado, de 95% y 70%, respectivamente. Estos resultados sustentan la conclusión de que PS-New 6 representa una nueva especie de Pseudomonas, para la que se propone el nombre Pseudomonas danubii con JDS02PS016T como cepa tipo.