Análisis molecular de la diversidad de Pseudomonas en plantas de almendro infectadas y no infectadas de Xylella fastidiosa

Abstract

[spa] En los últimos años ha aparecido una importante plaga provocada por el patógeno Xylella fastidiosa, afectando principalmente a los almendros de Mallorca. Un amplio campo de estudio para combatir este patógeno vegetal es el uso de bacterias endófitas de plantas. Se han descrito muchos géneros de microrganismos endófitos capaces de proporcionan efectos beneficiosos. Uno de los géneros más importantes es Pseudomonas, ya que presentan muchos beneficios, como el control de enfermedades al actuar como antagonistas o la promoción del crecimiento vegetal. El objetivo es caracterizar la población endófita de Pseudomonas que se encuentra en el xilema de almendros sanos e infectados con X. fastidiosa, y determinar cómo la fenología del huésped afecta al perfil microbiano. Se ha realizado un análisis molecular mediante la secuenciación del gen ARNr 16S y el gen rpoD. Los aislados se obtuvieron de muestras de ramas o hojas de almendros recogidas en cuatro muestreos, los cuales se cultivaron en medio cetrimide. Se realizó un análisis de MALDI-TOF de 88 aislados. Se identificaron 33 aislados mediante la comparación del gen ADNr 16S con la base de datos de NCBI y EzBioCloud, mientras que para el gen rpoD se utilizó NCBI y una base interna de rpoD (UIB). Además de Pseudomonas, también se han identificado géneros como Burkholderia y Methylobacterium. Mediante la identificación con el gen rpoD se determinó la presencia de un grupo amplio de P. syringae, otro de P. fulva y tres grupos de Pseudomonas con potencial de ser especies no descritas anteriormente.

[cat] En els darrers anys ha aparegut una important plaga provocada pel patogen Xylella fastidiosa, afectant principalment els ametllers de Mallorca. Un ampli camp d'estudi per a combatre aquest patogen vegetal és l'ús de bacteris endòfits de plantes. S'han descrit molts gèneres de microorganismes endòfits capaços de proporcionen efectes beneficiosos. Un dels gèneres més importants és Pseudomonas, ja que presenten molts beneficis, com el control de malalties en actuar com a antagonistes o la promoció del creixement vegetal. L'objectiu és caracteritzar la població endòfits de Pseudomonas que es troba en el xilema d'ametllers sans i infectats amb X. fastidiosa, i determinar com la fenologia de l'hoste afecta al perfil microbià. S'ha realitzat una anàlisi molecular mitjançant la seqüenciació del gen ADNr 16S i el gen rpoD. Els aïllats es van obtenir de mostres de branques o fulles d'ametllers recollides en quatre mostrejos, els quals es van sembrar al medi cetrimide. Es va realitzar una anàlisi de MALDI-TOF de 88 aïllats. Es van identificar 33 aïllats mitjançant la comparació del gen ADNr 16S amb la base de dades de NCBI i EzBioCloud, mentre que per al gen rpoD es va utilitzar NCBI i una base interna de rpoD (UIB). A més de Pseudomonas, també s'han identificat gèneres com Burkholderia i Methylobacterium. Mitjançant la identificació amb el gen rpoD es va determinar la presència d'un grup ampli de P. syringae, un altre de P. fulva i tres grups de Pseudomonas amb potencial de ser espècies no descrites anteriorment.

[eng] In recent years, an important plague caused by the pathogen Xylella fastidiosa has emerged, primarily affecting almond trees in Mallorca. A broad field of study to combat this plant pathogen is the use of endophytic bacteria. Many genera of endophytic microorganisms capable of providing beneficial effects have been described. One of the most significant genera is Pseudomonas, as they offer many benefits, such as disease control by acting as antagonists or promoting plant growth. The objective is to characterize the endophytic population of Pseudomonas found in the xylem of healthy almond trees and those infected with X. fastidiosa and determine how host phenology affects the microbial profile. Molecular analysis was conducted through the sequencing of the 16S rRNA gene and the rpoD gene. Isolates were obtained from branches or leaf samples collected in four samplings, which were cultured in cetrimide medium. MALDI-TOF analysis was performed on 88 isolates. Thirty-three isolates were identified by comparing the 16S rRNA gene with the NCBI and EzBioCloud databases, while for the rpoD gene, NCBI and an internal rpoD database (UIB) were used. In addition to Pseudomonas, other genera such as Burkholderia and Methylobacterium have also been identified. Identification using the rpoD gene revealed the presence of a broad group of P. syringae, another group of P. fulva, and three groups of Pseudomonas with the potential to be previously undescribed species.