Estandarització d’un protocol per a l’extracció d’ADN a partir de mostres fecals

Abstract

[cat] La microbiota intestinal ha guanyat interès en la investigació no només en microbiologia sinó també en medicina. S’ha vist que té un paper molt important tant en la salut com amb la malaltia, sovint associada a una disbiosi. Per tant, conèixer quina és la composició adequada dels diferents microorganismes és d’especial interès, ja que representa una font valuosa per identificar biomarcadors de distintes patologies. Aquest camp d’estudi és prometedor, però la falta d’estandarització en les metodologies i la comprensió de les relacions entre microbioma i malaltia ho dificulten. És per tot això que al present treball es pretén establir un protocol d’aïllament d’ADN fecal que pugui ser utilitzat com a base per a futurs estudis de metagenòmica. Es va extreure ADN genòmic de mostres fecals provinents de ratolins i es van provar 3 metodologies distintes: i 1) “ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit” 2) Digestió enzimàtica + PCI + Purificació columnes “ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit” i 3) Digestió enzimàtica + PCI + Purificació amb columnes “Genomic DNA Clean Concentrator -10”, sent la metodologia 3 la que ha demostrat ser millor en quant a rendiment d’extracció d’ADN i qualitat.

[eng] The gut microbiota has gained interest in research not only in microbiology but also in medicine. It has been seen to play a very important role in both health and disease, often associated with dysbiosis.. Therefore, knowing what is the proper composition of different microorganisms is of special interest, as it represents a valuable source to identify biomarkers of different pathologies. This field of study is promising, but the lack of standardization in the methodologies and understanding of the relationships between microbiome and disease make it difficult. For this reason, the present work aims to establish a protocol that can be used as a basis for future metagenomics studies. Genomic DNA was extracted from fecal samples from mice and 3 different methodologies were tested: 1) "ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit, 2) Enzymatic Digestion + PCI + Colony Purification "ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit" and 3) Enzymatic Digestion + PCI + Purification with columns "Genomic DNA Clean Concentrator -10", sent the methodology 3 the one that proved to be better in terms of DNA yield and quality.