Optimización y validación de un método de qPCR para la detección de Pseudomonas

Abstract

[spa] El género Pseudomonas, ampliamente estudiado en microbiología, destaca por su diversidad y adaptabilidad en diversos hábitats. Debido a su bajo requerimiento nutricional y elevada capacidad de adaptación, este grupo de bacterias tiene una amplia variedad de aplicaciones beneficiosas, como la biodegradación de contaminantes y la promoción del crecimiento vegetal. Sin embargo, también incluye importantes patógenos para humanos, animales y plantas. La taxonomía de Pseudomonas ha sido históricamente un desafío debido a su complejidad. Sin embargo, con la aparición de nuevas técnicas moleculares y genómicas, ha evolucionado significativamente, mejorando la precisión y comprensión de su diversidad. Una de las técnicas más útiles en este contexto es la qPCR (reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real) la cual permite detectar y cuantificar específicamente especies en muestras ambientales. En la detección de Pseudomonas, se han desarrollado cebadores específicos dirigidos a genes como rpoD y gyrB, con alta capacidad discriminatoria. Pero a pesar de estos avances, siguen existiendo importantes desafíos para diseñar cebadores que abarquen toda la diversidad genética de Pseudomonas. Algunos autores han optado por diseñar cebadores específicos hacia el gen ARNr 16S o el gen oprI como posible solución. El objetivo de este trabajo fue optimizar y validar análisis de qPCR para la detección de Pseudomonas. Para alcanzar este objetivo, se llevaron a cabo múltiples ensayos donde se diseñaron nuevas sondas TaqMan y se optimizaron variables como la temperatura de reacción y la cantidad de ADN utilizado. Además, con las nuevas condiciones, se verificó la detección de representantes de todos los grupos de Pseudomonas, utilizando sus cepas tipo. También se desarrolló un protocolo específico para analizar la abundancia de Pseudomonas en muestras ambientales. Todos estos experimentos se llevaron a cabo utilizando diversos cebadores específicos, con el fin de explorar nuevas estrategias y validarlos en los diferentes grupos de Pseudomonas.