Caracterización taxonómica de nuevas cepas del género Pseudomonas

Abstract

[spa] La Cueva “Des Pas de Vallgornera”, es una de las más grandes de Europa presentando en su interior una gran variedad de morfologías de interés geológico y comunitario, además ha estado aislada del exterior durante millones de años evitando su posible alteración por la actividad humana. Existen evidencias del papel fundamental que juegan los microorganismos en la espeleogénesis actuando sobre los procesos de precipitación y disolución de los diferentes espeleotemas. Se han realizado estudios previos sobre la diversidad y composición de las diferentes comunidades bacterianas presentes en distintos puntos de la cueva, usando técnicas combinadas dependientes de cultivo: fenotipicos de MALDI-TOF y filogenéticos como el análisis del gen ARNr 16S. El género Pseudomonas, además de ser uno de los más numerosos, era el único presente en todas las muestras de agua analizadas. En trabajos anteriores se ha demostrado que estos dos métodos tienen un poder resolutivo de identificación a nivel de especie bajo para el género Pseudomonas. En este trabajo se ha usado la secuencia parcial del gen rpoD para realizar un estudio filogenético, a partir del cual se han clasificado a nivel de especie las cepas previamente identificadas como pertenecientes al género Pseudomonas. Las cepas que presentan una similitud inferior al 96% no se han podido asignar a ninguna especie previamente descrita. Estas cepas son candidatas a ser descritas como nuevas especies del género Pseudomonas completando su caracterización mediante estudios fenotípicos y filogenéticos.

[eng] The ‘Des Pas de Vallgornera’ cave is one of the biggest in Europe. In its interior there is a wide variety of morphologies of geological and community interest, furthermore it has been isolated from outside for millions of years preventing its possible disturbance due to human activity. There is evidence concerning the fundamental role that microorganisms play in speleogenesis acting on the processes of precipitation and dissolution of the different speleothems. Previous studies have been performed on the diversity and composition of the different bacterial communities present in different points of the cave, using a combination of culture-dependent techniques: phenotypic using MALDI-TOF and phylogenetic such as the analysis of 16S RNA gene sequences. The Pseudomonas genus, besides being one of the largest, was the only one present in all water samples analyzed. In previous works, it has been demonstrated that these two methods have low resolving power of identification at species level for the Pseudomonas genus. In this work the partial rpoD gene sequence has been used to perform a phylogenetic study, from which the strains previously identified as members of the Pseudomonas genus have been classified at species level. Strains which have a similarity below 96% could not be assigned to any previously described species. These strains are candidates to be described as new species of the Pseudomonas genus, completing their characterization by phenotypic and phylogenetic studies.